Habib Beye rejoignit l’Olympique de Marseille lors du mercato estival de la saison 2003-2004 en provenance du RC Strasbourg. Il atteindra la finale de la coupe UEFA dès sa première année sous les couleurs phocéennes.
A l’issue de sa deuxième saison, il est élu meilleur olympien de la saison par les internautes sur le site officiel de l’OM.
Sa 3ème saison est correcte et Habib Beye est désormais un cadre du club que ce soit sur ou en dehors du terrain. Lors de la saison 2006-2007, l’OM parviendra à se qualifier en Ligue des Champions en terminant 2nd derrière l’Olympique Lyonnais.
Alors qu’il vient d’entamer sa cinquième saison en tant que joueur phocéen, Habib Beye qui réalise un mauvais début de saison à l’image de l’équipe demande a être transféré à Newcastle qui était intéressé par ses services. L’OM acceptera donc de le vendre au club anglais pour bon et loyaux services rendus au club phocéen durant ses 4 saisons passées à l’OM.
Habib Beye aura réussi à se faire apprécier des supporteurs olympiens de la part de sa grinta, de son abattage et de la régularité dans ses performances.
Habib Beye sera d’ailleurs dans l’équipe type du meilleur 11 de l’histoire l’OM en 120 ans d’existence du club le plus populaire de France.
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