Nommé entraîneur de l’OM par Pape Diouf en début de saison en succession de Jean Fernandez lors du mercato estival de la saison 2006-2007. Le club réalisera une bonne saison sous les commandes d’Albert Emon et terminera la saison de Ligue 1 à la deuxième place, synonyme de qualification directe en Ligue des Champions.
Le club phocéen accédera également à la finale de la coupe de France mais s’inclinera face au FC Sochaux après les tirs au but.
La saison d’après sera cependant bien plus compliquée et après une très décevante 19ème place après 13 journées de Ligue 1, il sera démis de ses fonctions d’entraîneur principal et sera remplacé par Eric Gerets.
Il fera un retour pour une durée de 6 mois lors du mercato estival de la saison 2013-2014 en tant qu’entraîneur adjoint de l’OM. C’est José Anigo qui venait d’être nommé entraîneur en place d’Elie Baup qui a appelé Albert Emon afin qu’il soit son adjoint.
Formé au club, Albert Emon aura globalement laissé un bon souvenir aux supporteurs marseillais pour son engagement et son amour pour le club.
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