Le natif de Marseille aura occupé plusieurs fonctions au sein du club de son cœur, joueur puis entraîneur intérimaire avant de devenir entraîneur principal puis directeur sportif pour ensuite redevenir entraîneur une nouvelle fois en intérim, puis recruteur du club phocéen et enfin directeur du développement international pour le continent africain.
En janvier 2004 José Anigo est nommé entraîneur principal de l’OM par Christophe Bouchet en remplacement d’Alain Perrin qui venait d’être démis de ses fonctions. Anigo débutera parfaitement sa carrière d’entraîneur principal à l’OM puisque avec lui, le club phocéen atteindra la finale de la coupe UEFA 2003-2004 après avoir éliminé Newcastle lors de la demi finale. L’équipe était alors amené par un Didier Drogba qui s’est fait découvrir par l’Europe entière lors ce parcours européen de l’OM.
Lors de sa deuxième saison en tant que coach, la suite sera moins glorieuse puisque José Anigo démissionnera de son poste d’entraîneur de l’OM après deux revers consécutifs face au rival parisien.
Lors de la saison 2005-2006, José Anigo est nommé directeur sportif de l’Olympique de Marseille, poste qu’il occupera jusqu’en décembre 2013. Si sa relation de travail avec Eric Gerets fonctionnera bien, sa relation avec Didier Deschamps sera chaotique avec de nombreuses piques qui seront lancées entre les 2 hommes. Cette tension se fera même ressentir au sein du vestiaire marseillais qui sera scindé en 2 entre les « pro Anigo » et les « pro Deschamps ».
Finalement, José Anigo est licencié le 28 octobre 2016 par la procédure de licenciement de l’Olympique de Marseille initiée dans le cadre du « OM Champions Project » mis en place par Frank McCourt et les nouveaux dirigeants de l’OM.
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