Le club phocéen investit la somme coquette (pour l’époque) de 7,6M€ pour recruter le milieu offensif international brésilien qui évoluait à São Paulo. L’OM recrute d’ailleurs un compatriote de Marcelinho, en la personne d’Adriano venue de l’Atletico Paranense.
Cependant l’OM est alors un club très instable et Marcelinho sera coaché par 5 coachs différents en une seule saison sous le maillot du club phocéen. En effet, recruté par Abel Braga qui sera rapidement démis de ses fonctions au profit d’un duo qui assure l’intérim avec l’entraîneur du LOSC, Christophe Galtier en coopération avec Albert Emon. Fin novembre 2000, Javier Clemente sera nommé nouvel entraîneur principal du club jusqu’à son licenciement, début avril 2001. Tomislav Ivic sera son successeur et terminera la saison en tant que coach de l’OM à une bien triste 15ème place du championnat de France en se sauvant de la relégation de justesse.
Marcelinho inscrira 3 buts en 19 matchs de championnat disputés au cours de son unique saison. Il sera vendu lors du mercato estival de pré-saison 2001-2002 au club de Gremio Porto Alegre avant de découvrir la Bundesliga avec le Herta Berlin et de devenir un des meilleurs joueurs du championnat allemand.
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