Arrivé à l’OM après l’Euro 2016 qui s’était déroulé en France, l’international slovaque a beaucoup été utilisé par Franck Passi avant devenir qu’un simple remplaçant lors de l’arrivée de Rudi Garcia à la tête du club phocéen.
Avec 13 matchs de championnat disputés sous les couleurs bleues et blanches de l’OM, Tomas Hubocan a réalisé une première saison convenable avec l’Olympique de Marseille.
Pour sa seconde saison en tant que joueur de l’OM, Hubocan a vu le club phocéen recruter Adil Rami et l’émergence du minot Boubacar Kamara. Ce qui a considérablement réduit ses chances d’avoir du temps de jeu conséquent.
Sans surprise après 1 titularisation lors de la déroute de l’OM 6-1 contre l’AS Monaco, Hubocan est prêté à Trabzonspor afin d’avoir davantage de temps de jeu.
A la fin de la saison le club turc ne souhaitant pas lever l’option d’achat pour le défenseur slovaque, Tomas Hubocan est donc de retour à l’Olympique de Marseille.
Avec l’arrivée de Duje Caleta-Car lors de l’intersaison, Hubocan n’a disputé qu’un seul match d’Europa League avec le club phocéen et sera en fin de contrat au terme de la saison 2018-2019.
Après 3 saisons à l’Olympique de Marseille, Tomas Hubocan quittera le club phocéen, son contrat ne sera pas renouvelé..
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