Jérôme Bonnissel a été formé à Montpellier avant de rejoindre le Deportivo la Corogne en 1996. Il restera 3 saisons en Espagne avec 65 matchs disputés toutes compétitions confondues. Il rejoint Bordeaux en 1999 où il se dévoilera et se révèlera être un des meilleurs arrières gauches du championnat de France.
Il remporta la coupe de la Ligue en 2002 avec Bordeaux. Il sera également sélectionné à 6 reprises avec l’Equipe de France A durant sa période girondine. Bonnissel ira ensuite en Ecosse chez les Glasgow de Rangers et sera sacré champion d’Ecosse.
Il ne resta qu’une seule saison à Glasgow avant de rejoindre Fulham de 2003 à 2005. Il y disputera seulement 16 matchs toutes compétitions confondues en 2 saisons. Il signera à l’OM en janvier 2016 après un essai concluant afin de pallier le départ de Taye Taiwo parti à la CAN avec l’équipe du Nigéria.
Il disputera 6 matchs assez médiocre en championnat avec le club phocéen et son contrat qui expirera au terme de la saison ne sera logiquement par prolongé par l’OM.
En septembre 2018 il a rejoint la cellule de recrutement de l’Olympique Lyonnais alors dirigé par l’ancien avant-centre de l’OM, Florian Maurice.
Il est désormais responsable du recrutement à Rennes depuis juin 2020.
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