Recruté par Philippe Troussier lors du mercato hivernal de la saison 2004-2005, l’international japonais connaîtra une première partie de saison compliquée avec le phocéen où l’on retiendra de lui surtout sa passe dans le vide sur un terrain enneigé lors des matchs de championnat qui s’était déroulé à l’AS Saint-Etienne.
Lors de la saison 2005-2006 il sera peu utilisé par Jean Fernandez et ne disputera qu’un match de championnat avec le club phocéen. Ses performances seront à nouveau médiocres. Il sera finalement prêté avec option d’achat au club Suisse du FC Bâle lors du mercato hivernal. A l’issue de cette saison il terminera vice-champion du championnat helvète.
D’après une enquête effectuée par France Football, en « faisant l’exploit » de figurer devant Christian Gimenez, Ronald Zubar notamment.
Koji Nakata a été international japonais de 2000 à 2007 et a été sélectionné à 57 reprises pour 2 buts inscrits.
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