N’Diaye débarque à l’OM lors du mercato estival de la saison 2004-2005 à tout juste 19 ans.
Il fut recruter de Louhans-Cuiseaux club évoluant en National. Leyti N’Diaye a un profil intéressant, c’est en effet un joueur puissant qui est polyvalent. (Il peut évoluer en défense central ce qui est son poste de prédilection ou milieu défensif ). Il se blessera gravement peu de temps après son arrivée à l’OM, mais il disputera tout de même 3 matchs de championnat avec le club phocéen.
La saison suivante, il sera prêté à Créteil puis celle d’après il sera prêté à Strasbourg. Malheureusement, il se blessera à nouveau gravement et sera forfait pour l’intégralité de la saison.
Lors de la saison 2007-2008, il disputera 2 matchs de championnat et 1 match de coupe. Le club était alors entraîné par Eric Gerets. Il sera ensuite prêté 2 ans à Ajaccio et fera 2 saisons abouties avec le club corse.
A son retour à l’OM, le club alors entraîné par Didier Deschamps lui accordera un peu de temps de jeu puisqu’il participera à 4 matchs de championnat ainsi que 2 matchs de championnat et match de poule de Ligue des Champions. Il sera à nouveau prêté à Ajaccio la saison suivante.
Il revient à l’OM lors de la saison 2012-2013 et le défenseur Sénégalais disputera 2 matchs d’Europa League avec le club phocéen.
Finalement, il quitte l’OM en juin 2013 suite à l’expiration de son contrat. En 9 ans en tant que joueur de l’Olympique de Marseille, Leyti N’Diaye aura seulement dispute 16 matchs toutes compétitions confondues avec le club olympien.
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