Recruté en provenance du PSG le 30 août 2006 pour 2,5 M€, Modeste M’Bami réalise une première saison en demi teinte. Il a disputé 30 matchs de championnats et inscrit 1 but. L’OM termine la saison à la 2ème place de Ligue 1 derrière l’Olympique Lyonnais, le milieu défensif ne parvient pas à retrouver les bonnes performances qu’il réalisait lorsqu’il évoluait au Paris Saint-Germain.
Si la première partie de la saison 2007-2008 ne sera pas meilleure que sa première saison avec le club phocéen, l’international camerounais réalisera une deuxième partie de saison de bien meilleure qualité. Il sera un des hommes de base de l’équipe alors dirigé par Eric Gerets et sera un des hommes forts de la remontée olympienne au classement. Il permettra à l’OM d’accrocher la 3ème place de L1 au soir de la 38ème et dernière journée du championnat.
Sa troisième et dernière saison avec l’OM sera en demi-teinte à titre personnel avec des performances assez irrégulières mais elle sera plutôt réussie à titre collectif même si le club phocéen échouera dans la course au titre face à Bordeaux sacré champion de France cette année là. 10 ans plus tôt alors que le club des Girondins était déjà à cette époque en course avec le club olympien pour le titre de champion mais malheureusement le même scénario se répéta 10 ans après.
Gerets quittera l’Olympique de Marseille à l’issue de la saison et son successeur sera celui qui fut par la suite le premier et le seul français à ce jour à avoir remporté la coupe du Monde en tant que joueur et en tant que sélectionneur, Didier Deschamps.
Deschamps ne comptant pas sur M’Bami qui était en fin de contrat. Il quittera l’OM pour rejoindre le club espagnol d’Almeria.
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