Fernandao est recruté par le club phocéen lors du mercato estival de la pré-saison 2001-2002 du club Brésilien des Goiás va connaitre une première saison compliquée.
Il marquera à 3 reprises en 26 matchs de championnat disputes et l’OM terminera 9ème de L1 avec une grande instabilité puisqu’il y aura 4 entraîneurs qui se succéderont durant cette saison. José Anigo, Tomislav Ivic, Albert Emon et Christophe Galtier.
Sa seconde saison au club phocéen sera meilleure à titre individuel et collectif, il inscrira 3 buts en 24 matchs disputes et l’OM finira troisième de la saison synonyme de qualification pour le tour préliminaire de la Ligue des Champions.
Faute de temps de jeux, il sera prêté au TFC lors de la saison 2003/2004 et participera a 16 rencontres de championnat et marquera 3 buts.
Pas conservé par Toulouse, il retourne à l’OM et prendra part à 15 matchs de championnat sans inscrire le moindre but. Il sera finalement résilié par le club phocéen et ira rejoindre le club Brésilien d’International.
Fernandao connaîtra une fin de saison tragique puisqu’il perdra la vie le 7 juin 2014 lors d un accident d’hélicoptère, il était age de 36 ans.
Fernandao aura laissé le souvenir d’un joueur combatif avec une bonne mentalité.
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