Recruté par Bernard Tapie lors du mercato estival de la saison 2001-2002, Tapie, qui était à ce moment directeur sportif de l’OM, présente le joueur du Sporting Lisbonne comme « le nouveau Didier Deschamps ».
Malheureusement, il passera la plupart de son parcours à l’ infirmerie. En 3 saisons et demie en tant que joueur du club olympien, il disputera seulement 21 matchs.
Après un prêt au club portugais de Morense, il parviendra à prouver à Jean Fernandez, qui était alors le coach de l’Olympique de Marseille, qu’il peut être un joueur utile.
Durant cette saison, il participera à 13 matchs de championnat et inscrira un superbe but en Europa League sous les couleurs bleues et blanches.
Finalement, il quittera l’Olympique de Marseille au terme de cette saison 2005-2006 pour rejoindre le club helvète du Young Boys de Berne. Le contrat de José Delfim avec l’OM venait d’arriver à expiration et la direction olympienne a décidé de ne pas prolonger le contrat du milieu défensif portugais.
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